En los proyectos el CEBEM trabaja en alianza con otras instituciones creando comunidades de aprendizaje en las distintas areas de los mismos: proyectos de investigacion, proyectos de capcitacion, proyectos diseñados para establecer puntes entre paises y comunidades, espacios comunes para interactuar.
Todos los proyectos del CEBERM tienen en común temas como gestion del conocimiento, desarrollo de herramientas de aprendizaje, gestión territorialy acciones de promoción del desarrollo.
Los proyectos que desarrolla CEBEM son multidisciplinarios y promuevenuna visión comparativa que forma parte del aprendizaje cada vez mas global y colectivo.
| Relaciones Interculturales |
 El presente proyecto está dirigido a consolidar la gobernanza democrática fortaleciendo la interculturalidad y la protección de los derechos de los pueblos indígenas, como mecanismo para la prevención y resolución de conflictos que afectan a las poblaciones marginadas, específicamente indígenas de Bolivia, Ecuador y Perú.
Para ello se desarrollarán acciones locales y regionales de investigación, de generación de propuestas de políticas públicas que favorezcan la interculturalidad, de formación de autoridades, funcionarios y líderes comunitarios, de intercambios de experiencias que fortalezcan los lazos entre organizaciones de los tres países, y, de la creación de un observatorio andino.
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| Cooperación, Conocimiento y Desarrollo |
 Este proyecto promueve el acceso al conocimiento y el aprendizaje colectivo Norte-Sur y Sur-Sur. Iniciado en 2007 cuenta con un número creciente de instituciones asociadas en América Latina y Canadá. Sus objetivos son las asociaciones de conocimiento y la actualización profesional. Sus herramientas incluyen: un modelo de colaboración que contiene directorios y bases de datos, una plataforma de educación en-línea para cursos demostrativos cortos de actualización profesional, y boletines de amplia cobertura.
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| Kedlap |
 Knowledge for Effective Learning and Development (en español: "Conocimiento para Aprendizaje y Prácticas de Desarrollo Efectivos") es un proyecto piloto que procura validar la importancia del intercambio de conocimiento y de los procesos de aprendizaje colaborativo como factores clave en una práctica efectiva de desarrollo. En él, CUSO-VSO supervisa la construcción de conocimiento y el enfoque de aprendizaje colaborativo entre organizaciones estratégicas clave (CATIE, Cebem) y cooperantes involucrados con la Red Iberoamericana de Bosques Modelo (RIABM).
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| SAS2 Bolivia |
 Sistemas de Análisis Social (SAS²) es un proyecto que se desarrolla internacionalmente con puntos focales de desarrollo en Honduras, Nepal, India, Canadá y Bolivia; parte del trabajo que viene desarrollando hace varios años el Dr. Jacques Chevalier. En Bolivia, este proyecto es el resultado de la colaboración entre diversas instituciones, especialmente la Universidad de Carleton (Canadá), el IDRC (Centro Internacional de Investigaciones para el Desarrollo) y el CEBEM (Centro Boliviano de Estudios Multidisciplinarios).
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| Vertebralcue |
 VertebrALCUE se propone contribuir al desarrollo de la integración regional entre los Sistemas de Educación Superior de América Latina (SES) y el proceso de implementación del Área Común de Educación Superior entre América Latina, el Caribe y la Unión Europea (ALCUE). Para ello se exploran y fortalecen los diferentes niveles de articulación de la cooperación académica de Latinoamérica - Latinoamérica y entre Latinoamérica y la Unión Europea, por medio del diseño y la implementación de una infraestructura de cooperación a nivel institucional, nacional y regional.
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