La labor del Centro Boliviano de Estudios Multidisciplinarios se inicia en la Calle Batallón Colorados, Edificio el Cóndor (Piso 6, Oficina 604), bajo la idea de crear un espacio institucional que permita realizar investigaciones dentro del área de ciencias sociales con autonomía en relación a instituciones educativas y gubernamentales.

Este tipo de instituciones surgen durante las dictaduras de América Latina en los años 70, época en que la mayoría de las universidades estatales y las ciencias sociales en particular no tuvieron un espacio de desarrollo. Fue entonces cuando la cooperación internacional dedicada a la investigación científica apoyó la formación de centros independientes donde los cientistas sociales pueden ejercer su labor.  En los 80, dentro de ese contexto, el CEBEM recibe apoyo institucional del SAREC de Suecia con un subsidio para el fortalecimiento de la investigación en Ciencias Sociales.

Los Fundadores del CEBEM fueron René Antonio Mayorga y José Blanes entre otras personas que adquirieron un compromiso con la institución.  Luego ingresan otros investigadores que son invitados a ser socios, entre los que destacan  Ramiro Molina Barrios,  Mario Galindo Soza,  Edgar Antonio Pabón, Cecilia González, Jorge Téllez y Mario Torres Adrián.  A distancia el CEBEM mantiene estrecha relación con un investigador asociado, Simón Pachano, investigador de FLACSO, Ecuador.

Fue fundamental el apoyo logístico y el invalorable aporte administrativo de Mateo Limache y Elizabeth Carpio, en un principio.  Posteriormente siguieron la misma línea Selva Escalera, Beatriz Herrera,  Alvaro Quispe,  Diego de la Quintana, Juan Coronel, Manuel Rebollo, Vitaliano Huanca y Marcelo Pinto.